Nigdy nie możemy zapominać o prostym fakcie, że instytucje pozarządowe nie są automatycznie zwolnione z opłacania podatku VAT. Księgowość w wypadku zwolnienia i jej braku wygląda zupełnie inaczej więc jest to bardzo istotny fakt.

W wypadku kiedy organizacja prowadzi działalność, która nie zawiera się w folderze usług zwolnionych z VAT (np. jest to działalność związana z wydawnictwami lub z koncertami), to może korzystać ze zwolnienia tylko w sytuacji, jeśli kompletna kwota przychodów związanych z prowadzoną przez siebie działalnością nie wyszła w roku 2007 równowartości 10 000 euro lub bieżącym - 2008 równowartości 50 000 zł (art .113 ust.1). W takiej sytuacji powinna nam pomóc księgowa, która może przygotować firmę, aby spełniła wyżej określone warunki.

Wiedzę na temat zwolnienia z tego podatku można zlokalizować w Ustawie o podatku od towarów i usług (z 11.03.2004 r.). Analizując tą sytuację z punktu widzenia stowarzyszeń i fundacji ważny jest zapis, iż zwolnione z płacenia podatku VAT są: (oznaczone symbolem PKWiU-91) "usługi świadczone przez organizacje członkowskie, gdzie indziej niesklasyfikowane (wyłącznie statutowe)". Zwolnienie jest to całkowicie niezależne od wysokości obrotów i przychodów tak więc tutaj mamy w pełni czystą kartę.

W sytuacji kiedy pewna organizacja prowadzi działalność, która w pełni mieści się w folderze usług zwalnianych z podatku VAT nie ma ona kompletnie żadnego obowiązku rejestracji siebie jako VATowca. Z drugiej strony istnieje również możliwość zrezygnowania z takiego zwolnienia. Taka opcja jest bardzo ważna w wypadku kiedy ubiegamy się o zwrot podatku VAT, który został opłacony z funduszy określonych jako pomocowe.